本基地设主任一名，下设秘书处、科研处、活动处、宣传处、财务处等部门。

在业务工作方面，采用PI团队的形式，分别由基地的教授带领副教授、讲师和研究生组成不同研究方向的研究团队，针对专项任务开展重大攻关研究。