青少年运动促进健康研究院成立了专职管理机构，由学术委员、学科带头人、校外企事业单位、体育与健康学院多方参与的学术管理机构，负责重大事务协商与决策，制订研究院的总体发展路线。

在工作机制方面，建立了学科交叉、协同创新的工作方法，鼓励高水平人才与校外企事业单位合作，充分利用校外资源参与建设，扩大研究院的社会影响;明确各方责权和人员、资源、成果、知识产权等归属，实现开放共享、持续发展。落实“项目法人责任制”，充分利用和盘活现有人、财、物资源，集中优质资源重点支持，发挥优势和特色学科汇聚作用，构建有利于协同创新的基础条件，形成长效机制。

在动态管理方面，对研究院的科研人员实行动态管理，能出能进。可从体育与健康学院、校内相关院系招聘科研人员，或从校外招聘科研人员；所有人员须纳入制度考核，考核不合格或科研任务完成可退出基地。

在管理制度方面，制定了《青少年运动促进健康研究院研究人员聘任方案》、《青少年运动促进健康研究院科研成果考核方案》、《青少年运动促进健康研究院管理方案》、《青少年运动促进健康研究院人才培养方案》等文件，旨在对研究院的健康发展进行科学规范的管理。